Lors de la dernière attaque de l'ile de Banks, Alexander s'est fait enlever par un hovercraft en voulant protéger Lani. Celui-ci se dirige désormais vers la base de Chicago réputée impénétrable. Pourtant, Socrate et Lani refusent de l'abandonner, d'autant que le système pourra récupérer ses souvenirs avant de "reconfigurer" sa personnalité et c'est désormais toute l'ile qui est en danger.
Le seul moyen pour se rendre là-bas à temps est de tenter de récupérer l'hovercraft qu'ils ont vu stationner dans la base sous la montagne contrôlée par des robots. Pour cela, Lani devra gagner la salle des commandes de la base afin de pirater le système et les rendre inoffensifs.

Le groupe se forme rapidement avec des techniciens et des récupérateurs, Jo à leur tête. Revenir sur les terres du système est très stressant mais se passe sans encombre. Comme envisagé avec Socrate, Lani pénètre seule dans la montagne. Elle a mémorisé les circuits de rondes des robots mais se fait malgré tout découvrir. Alors qu'ils l'attaquent, elle parvient toutefois à toucher l'un d'eux qui la reconnaît grâce à son transpondeur et stoppe immédiatement la défense. Elle gagne la zone de programmation de la base et se glisse dans le programme grâce à un fauteuil de programmation. Elle découvre que la personne qui a programmé les modifications l'a fait en désespoir de cause, après tout ce qu'on l'a obligé à commettre comme atrocité au nom de la guerre contre le Système. Le programme essaye de se défendre et Lani doit lutter pour l'annihiler mais elle y parvient et la mise à jour de tous les androïdes peut se faire. En traversant la base pour rejoindre le hangar, elle découvre tous les robots figés, le temps que la mise à jour se fasse. La base dispose d'immenses serres où poussent des fruits et des légumes, confirmant que les habitants de l'ile pourraient être à l'abri s'ils gagnaient ce lieu. Elle atteint le hangar sans rencontrer d'autres difficultés et ouvrent à ses camarades. Jo ordonne aux techniciens de commencer immédiatement l'état des lieux de l'hovercraft tandis qu'ils appellent les droïdes à son commandement. Mais quand ceux-ci arrivent, certains leur tirent dessus avant d'être abattus par le groupe. Lani découvre avec horreur que certains robots viennent d'autres bases et ne dépendent donc pas de la mise à jour qu'elle vient de lancer sur les Alpha-101. Il s'agit sans doute d'une parade du Système pour éviter que la rébellion ne puisse reprendre un jour la base.

Le petit groupe se replie dans le hangar pour protéger le travail des techniciens. Ils subissent plusieurs assauts et certains sont blessés ou meurent. Le travail rapide des androïdes à leur service leur fait gagner du temps. Le hangar subit une attaque encore plus massive et Lani décolle en catastrophe avec Aliza, Anthony et Jo qui est blessé, le reste de l'équipe étant soit morte soit impossible à évacuer.
Lani prend la direction de Chicago qu'ils gagnent en quelques heures. Ils découvrent la ville complètement détruite depuis des décennies contrairement à ce que leur a toujours dit le Système.

Seules Lani et Aliza se rendront au bâtiment où sont amenés les personnes kidnappées. Seulement Chicago n'est pas aussi désert que Socrate l'avait prévu : le système a mis en œuvre un programme de restauration de l'écosystème de la ville et d'immenses limaces digérant le bitume sillonnent la ville tandis que des équipes d'humains détruisent des plantes envahissantes. Malgré ces dangers, les deux jeunes filles parviennent à pénétrer dans le bâtiment souhaité à la tombée de la nuit. Après un temps de fouille, elles découvrent Alexander branché à une machine dans une salle où des enfants kidnappés sont aussi "reconditionnés". Lani se hâte de débrancher Alexander mais celui-ci demeure inconscient. La libération d'Alexander ne passe pas inaperçu et le trio se cache dans une salle où Lani découvre le sort réservé aux rebelles : leur esprit est complètement effacé et leur cerveau sert de base de données pour chaque colonie. Dès que les patrouilles s'éloignent, le petit groupe gagne la sortie et parvient à retourner tant bien que mal à l'Hovercraft. Ils repartent aussitôt vers l'ile de Banks malgré la fatigue de Lani.

Ils sont accueillis par Lin qui a été nommée responsable d'une des trois sections de récupérateurs. Mais dès qu'ils posent un pied à terre, Alexander et Lani sont immédiatement arrêtés. Ils découvrent avec horreur que durant leur absence, les chefs de sections se sont retournées contre leur chef Rodolphe, qu'ils ont pendu après l'avoir obligé à signer de faux aveux où il admet travailler avec le Système. Socrate et Tom sont en fuite, voire morts. Levon, le frère d'Alexander est revenu sur l'ile et est à l'origine de ce putsch : tout le monde le pensait mort lors de la dernière tentative pour traverser la base militaire Alpha-101 mais il a sans doute été fait prisonnier par les androïdes et a du s'échapper quand Lani a effectué la mise à jour. Empli de haine, il souhaite engager immédiatement une attaque de grande ampleur contre le Système, incapable de voir que cette entreprise est vouée à l'échec. S'il pensait dans un premier temps pendre Lani et Alexander, il décide finalement de les torturer avec une arme récupérée dans la base lors de sa fuite afin d'évaluer ses effets. Durant plusieurs jours, Lani est plongée dans un rêve éveillé extrêmement violent dont elle ne peut sortir. Elle aurait fini par en mourir si Bénédicte, Jo et sa fille Daro, ainsi qu'Alizia n'avaient pas organisé leur évasion. Avec Alexander, ils sont évacués sur le bateau d'un marchand, Zy, et conduit sur l'ile Victoria.

Celle-ci est très différente de Banks puisque les premiers colons se sont emparés du pouvoir en créant une mythologie les désignant comme des dieux et en s'emparant de toutes les technologies. Trois générations plus tard, les habitants ont tout oublié de leurs origines et le Jarl règne en seigneur et maitre.
Socrate explique à Lani qu'ils vont avoir besoin du soutien provisoire de ce tyran pour reprendre Banks. Pour cela, elle devra se faire passer pour Gerlan, la fille disparue du roi de l'ile. Grâce à son transpondeur, Lani parvient à tromper le bracelet sensé examiner son ADN et confirmer sa filiation. Zy a choisi l’île Victoria car il veut retirer cet appui stratégique à Lavlon. Lani est frileuse d’user de cette stratégie surtout quand elle constate combien tout le monde croit à la mythologie basée sur les mythes vikings, inventée par le premier dirigeant de l’ile, un ancien homme d’affaires.

Lani est présentée à toute sa famille dont son "frère" Aaron qui semble immédiatement la détester, ainsi qu’à sa "grand-mère". Selon leurs plans, Socrate demande de l’aide au Jarl, Ralf, en prétextant que Lavlon a enlevé et torturé Gerlan pour obtenir des informations sur l'île Victoria. Mais Ralf ne semble pas prêt à envoyer une troupe, surtout si elle est dirigée par une femme. On fait visiter le palais à la jeune fille et elle perçoit que le bracelet d’identification qu’on lui a laissé lui permet de se connecter à toutes les technologies cachées, sans même avoir besoin de passer par un contrôle vocal, contrairement au reste des dirigeants.

Le soir, Lani assiste à un banquet en son honneur où elle découvre que l’une des traditions est d’organiser des combats, même entre enfants. Pour finir, c’est Aaron qui se présente pour le dernier combat mais son adversaire n’a aucune chance puisqu’il n’a pas le droit de blesser le fils héritier. Sans aucun remord, Aaron tue son adversaire, sous les ovations du public. Bien décidée à remettre l’héritier à sa place, Lani s’engage dans la zone de combat et domine très facilement son "frère". Bien qu’elle soit une femme, le Jarl admire son art du combat et accepte de lui confier une armée.

Afin d’assoir leur retour auprès des habitants de l’ile de Banks en prouvant qu’ils agissent contre le Système, contrairement à ce que prétend Lavlon, le petit groupe doit récupérer le contrôle de la base Alpha-101 en réalisant une mise à jour des androïdes de la base Beta-A3. Pour cela, Alexander part pour la base Beta-A3 afin d’y réaliser ce que Lani a fait dans la base Alpha-101.
Zy repart sur l’ile de Banks et informe le petit groupe que Cora a été capturée, ce qui plonge Tom dans un profond désarroi, avouant à Lani qu’il est amoureux de la jeune fille.

Lani commence l’entraînement de sa nouvelle armée, soutenue par James, l’un de ses "cousins". Dans la caserne, elle découvre une intelligence artificielle redoutable qui surveille tous les habitants de l’ile, dans leurs moindres faits et gestes. Celle-ci ressemble à une grosse araignée et poignarde Lani pour l'éjecter du rêve. La jeune fille est surprise que l'on puisse se connecter sans fauteuil de sommeil et s’en étonne auprès de Socrate. Celui-ci l’alerte des risques qu’elle a encouru : le but des fauteuils est d'endormir le corps de la personne pour éviter qu’elle ne se blesse en agissant comme dans le rêve éveillé.

Alexander tarde à revenir, ce qui inquiète Lani. Lors d’un entrainement, l’ile subît une attaque d’Hovercrafts et la jeune fille constate que la seule défense des habitants est de prier leurs faux dieux. Sentant qu’une activité particulière se passe au niveau de l’intelligence artificielle cachée dans l’ile, elle s’y connecte et constate que les hovercrafts ont perçu l’IA et l’attaque. La jeune fille y voit une opportunité de détruire cette IA qui aide le Jarl à maintenir son pouvoir. Le combat est difficile mais les attaques des hovercrafts lui permettent de terrasser l’IA. Dès que celle-ci est inactive, les hovercrafts quittent l’ile.

Alexander est enfin de retour et a réussi sa mission. Le groupe peut passer à la seconde partie du plan : les troupes du Jarl vont attaquer différents points de l’ile pour permettre à Alexander, Lani, Socrate et Tom d’atteindre les fauteuils de sommeil de l’hôtel de ville afin d’extraire de leurs souvenirs les conversations incriminantes de Lavlon et Lin, avant de les diffuser à toute la population. Tout se déroule comme prévu mais Tom leur fausse compagnie dès qu’il peut afin de trouver Cora.
Ils gagnent sans encombre l’hôtel de ville mais découvrent avec horreur qu’ils sont attendus par Lavlon qui a été informé par James. Cora est reliée à l’arme que Lavlon a déjà testé sur Lani. Ils ont chargé le virus dans son crane et essaient de le diffuser dans le Système en utilisant la connexion des capsules.

James et Lavlon exigent que Socrate les relie au Système afin de diffuser le virus à tout le monde et les plonger dans des rêves en boucle. Alexandre est torturé pour le forcer à agir et le vieil homme prétend accepter de collaborer. Tom et Doro surgissent dans la pièce et tirent sur James puis Lavlon. Comme prévu, Socrate et Alexandre extraient leurs souvenirs des propos de Lin et Lavlon et les diffusent à toute la ville. Le groupe monte ensuite sur le toit afin d'expliquer la traitrise dont ils ont été l'objet. Mais ils sont interrompus par un vol d'hovercrafts sans que ceux-ci n'attaquent. Socrate consulte les données du Système et découvre qu'ils vont vider l'ile Victoria de tous ses habitants. Ça sera ensuite au tour de l'ile de Banks dans 8 mois. Impossible en si peu de temps d'évacuer l'ile sans attirer l'attention du Système sur leur manœuvre.

La Situation semble perdue quand Lani propose de combattre le Système directement depuis le centre des Architectes de New-York. Mais pour cela, il faut que quelqu'un appartienne au Système et réussisse les épreuves de Sélection. Lani demande à être reconditionnée pour tenter le tout pour le tout. Afin que tout ce qu'elle a vécu depuis sa sortie du Système ne soit pas perdu, ces données seront cachées au cœur de la partie du cerveau qui stockent les règles du Système. Ces règles sont abolies quand on devient Architecte ce qui permettrait de retrouver les souvenirs et de reprendre son rôle dans la rébellion depuis l'intérieur. Lani et Tom acceptent cette mission malgré les risques.