Noor et Jacob sont en fuite, les hommes de Leo à leur recherche. Jacob a en tête les révélations que lui a confiées Ash juste avant de mourir : une dernière chasseuse de creux prénommée V est encore en vie et Jacob a reçu pour mission de conduire Noor à cette femme. Les seuls indices pour la trouver sont un morceau de carte et des indications confuses d'Horacio, le creux d'Ash. Jacob n'a pas osé parler de la prophétie à Noor.
Heureusement, ils sont retrouvés par Bronwyn et Hugh qui les aident à gagner un passage qui les ramène vers l'Arpent du Diable.

Ash a parlé d'une prophétie qui disait que Noor était l'une des sept qui libèrerait le monde des particuliers d'un nouvel âge plein de dangers. Il semble que V soit cachée dans une boucle mais la carte ne donne pas suffisamment d'informations pour la retrouver facilement.
Dès son retour, Jacob fait part à tous des derniers évènements.

Dès le lendemain, ils sont réveillés par des alarmes : les Estres ont mené un raid dans l'Arpent du diable et sont parvenus à libérer 4 des leurs dont Percival Murnau, le premier lieutenant de Caul. En partant, ils ont également emmené le Creux qui alimentait le Panloopticon, empêchant tout moyen de déplacement rapide. Jacob est convoqué par Miss Merle qui souhaite qu'il retrouve la trace du Creux qui a été emmené et donc retrouve les Estres enfuis.

Millard a entamé des recherches autour des paroles d'Ash et pense que la boucle où se trouve V est dans le Midwest vu que l'on parle d'une boucle de tempête et de vent.

De son côté, Miss Avocette dévoile connaitre l'Apocryphon, ce texte obscur dont est extrait la prophétie. Il y est dit que les sept devront sceller une porte, sans préciser de quoi il s'agit. Le seul membre de ce groupe qui est décrit est un bébé qui a déjà des talents. Noor est sceptique car ses dons se sont révélés très récemment. Miss Avocette avoue alors qu'on leur a confié un bébé capable de cela il y a environ 15 ans, quand ses parents ont été assassinés. Pour la cacher, les Ombrunes l'ont envoyée en Amérique et l'ont confiée à une certaines Veliana, en lui administrant un produit expérimental pour endormir provisoirement ses pouvoirs. Noor la reconnait sur une photo : il s'agit de la femme qui l'a élevée jusqu'à ses 6 ans. Elles ont subi une attaque et on lui a dit que Veliana avait été tuée avant d'être confiée à une famille d'accueil. Miss Avocette lui dit que c'était une sécurité de la confier à une famille "normale", suite à ce qui devait être une attaque d'Estres. Veliana n'est pas morte mais s'est cachée.

Noor essaye de redonner quelques souvenirs de son enfance mais ceux-ci sont très flous. Les particuliers comprennent que cet oubli n'est pas anodin et sans doute le résultat d'un effacement partiel de sa mémoire pour la protéger. Un particulier capable de fouiller la mémoire aide Noor à retrouver quelques souvenirs.

Quand le Panloopticon est remis en fonction, un message arrive enjoignant Jacob à rejoindre immédiatement Miss Peregrine à la conférence pour la paix. Un kidnapping a eu lieu durant la nuit, incriminant un clan et menaçant la paix. Miss Peregrine pense qu'il s'agit d'une manœuvre des Estres mais a besoin de Jacob pour le prouver : lui seul est capable de voir certains indices laissés par un sépulcreux. Il trouve une piste à l'orée du bois qui borde le campement ou Ellery, la jeune particulière, a disparu. Cette piste les conduit jusqu'à un passage pour quitter la boucle. La culpabilité des Estres est démontrée mais la tension entre les clans n'est pas prête de retomber, en tout cas, pas tant que la jeune fille ne sera pas ramenée saine et sauve.

Jacob, Enoch, Emma et Hugh continuent de remonter la piste jusqu'à une compagnie de cars. Les passages étant peu fréquents, ils empruntent le bus suivant, espérant que Jacob pourrait retrouver la piste lors des arrêts. Ils découvrent le bus précédent, accidenté sur le bord de la route. Ellery est retrouvée et ils apprennent que l'accident est dû à l'attaque d'une des particulières prisonnière avec Ellery. Les fleurs laissées sur place ne laissent aucun doute : Fiona était là ! Comme n'arrêtait pas de le dire Hugh, elle n'est pas morte dans la boucle ménagerie lors de l'attaque des Estres.

Le groupe gagne rapidement la boucle la plus proche pour éviter qu'Ellery ne continue à vieillir prématurément. Ils font la rencontre d'un jeune garçon, Frère Ted, qui s'est fait voler sa pierre étincelante. Il a toujours eu des problèmes de réglages de la température mais cela s'est stabilisé grâce à une pierre. Seulement un homme la lui a volée et Jacob découvre que ce voleur était un creux. Malheureusement, ils ne peuvent rien faire pour lui et retournent à l'Arpent.

A leur retour, Horace leur apprend que leurs recherches ont avancé : ils ont relu la prophétie et pensent que les Estres sont persuadés de pouvoir resusciter Caul. Enoch complète leurs suppositions en suggérant que les enlèvements récents doivent être en lien avec les ingrédients qui leur seront nécessaires pour faire revenir Caul.

Certains sont sceptiques jusqu'à ce qu'Horace rapporte ce qu'il a découvert dans le bureau secret de Bentham, l'autre frère de Miss Pérégrine, qui a été contraint par Caul à l'aider. Le serviteur de Bentham confirme que Caul a exigé que son frère trouve un moyen de ramener quelqu'un d'une boucle effondrée. Cette "recette" a été volée par les Estres mais le serviteur leur en donne une copie.

En découvrant les ingrédients, Miss Peregrine est effondrée. La liste confirme qu'ils avaient besoin des vers produits par Ellery, de la langue de Fiona, de la pierre volée au garçon qui a toujours froid, des pierres qui se trouvaient dans le bureau de Bentham. Les deux derniers ingrédients sont plus mystérieux : l'alphacrâne et enfin le cœur encore battant de la mère des oiseaux. Le groupe est persuadé qu'il s'agit du cœur de Miss Peregrine qui est exigé, vu qu'elle est la sœur de Caul et que son sang serait sans doute un atout.

Miss Peregrine revient quelques heures plus tard avec des informations : il existe au nord de New York, une boucle nommée Hopewell où vivent des lève-morts. C'est sans doute là que se trouve l'alphacrâne.

Dès le lendemain, le groupe se rend dans la boucle mais étonnement, seuls Noor et Jacob parviennent à y pénétrer. Jacob décide d'explorer la boucle, sentant la trace d'un Creux.
Ils trouvent Josep l'un des particuliers de cette boucle. Celui-ci leur explique que la veille des étrangers ont pénétré dans la boucle, accompagnés de deux Creux. Ils sont partis sur la colline où se trouve le vieux cimetière et sont en train de le fouiller. Josep a fermé les portes de la boucle et n'acceptera de les ouvrir que si Jacob leur prouve son honnêteté en capturant les Creux. Après avoir pris le contrôle du premier, Miss Peregrine et les autres particuliers peuvent les rejoindre.

Le groupe se divise en deux pour mieux s'attaquer aux Estres. Ils trouvent rapidement Fiona mais celle-ci ne semble pas les reconnaitre et les attaque. Jacob utilise le Creux qu'il contrôle pour attaquer l'autre mais celui-ci meurt au combat.
Murnau surgit, fier de montrer qu'il a trouvé l'Alphacrâne. Alors qu'il s'apprête à les abattre, le groupe tente une attaque. Jacob reprend le contrôle du second Creux et parvient à tuer l'Estre qui exerce son contrôle sur Fiona. Celle-ci libère ses amis et Murnau prend la fuite.

Fiona est ramenée à l'Arpent pour être soignée : Murnau lui a coupé la langue avant de fuir mais n'a pu tuer Miss Peregrine. Il lui manque donc le dernier ingrédient et en gagnant du temps, ce qu'il a prélevé sur Fiona ne sera plus utile.

Le petit groupe reprend ses recherches pour trouver V. Profitant de ce calme, Noor demande à Jacob s'ils peuvent retourner à son appartement pour qu'elle aille y chercher des affaires. Ils y trouvent une carte postale signée de V. Elle lui écrit qu'elle a appris les derniers évènements et lui donne son adresse pour la rejoindre.

En peu de temps, ils gagnent l'adresse qui s'avère être l'entrée de la boucle. En y pénétrant, ils découvrent une tornade en train de détruire la ville. Noor se souvient alors de la comptine que lui avait fait apprendre sa mère adoptive, et réalise que les paroles sont l'indication pour avancer dans la ville en échappant à la tornade. Ils gagnent ainsi une vieille maison où se trouve V. Mais contrairement à ce que laissait croire la carte, V. semble mécontente de les voir. Elle n'a jamais envoyé cette carte et il s'agissait d'un piège.

Murnau surgit, confirmant les dires de l'Ombrune. Il est satisfait de lui car il va récupérer le dernier ingrédient. Bentham avait essayé de les piéger en parlant du cœur de la mère des oiseaux, mais la prophétie parlait du cœur de la mère des tempêtes : V. Il drogue Noor et Jacob a l'aide d'une fléchette et les attache à la balustrade de la terrasse. Il a également trainé V dans le jardin et la poignarde avant de lui prélever son cœur. Il s'enfuit, laissant Noor et Jacob dans la boucle en train de s'effondrer.